Теодора Духовникова завършва НАТФИЗ „Кръстьо Сарафов“ със специалност „актьорско майсторство за драматичен театър“ в класа на професор Снежина Танковска и доцент Андрей Баташов.
След дипломирането си играе в Театър „София“, а през 2005 г. влиза в трупата на Народния театър „Иван Вазов“. Там дебютира с ролята на Саломе в едноименната пиеса. Сред известните ѝ роли на театралната сцена са г-ца Д`Олбак в „Развратникът“, Мерилин в „Ръкомахане в Спокан“, Оливия в „Идеалният мъж“, Мария в „Процесът срещу богомилите“, Регина в „Лисичета“, Бистра в „Когато гръм удари, как ехото заглъхва“ и други. Играе и на сцената на театрите „199“, „Сълза и смях“, „Васил Друмев“.
Теодора Духовникова участва и в множество български филми и сериали. Сред най-известните ѝ роли на малкия и големия екран са Елица Владева в криминалния сериал „Под прикритие“, Божура Джезелова в историческия сериал „Дървото на живота“, Ана във филма „Вездесъщият“, Биляна в „Дъвка за балончета“, Виктория Дамянова в шестия сезон на лекарския сериал „Откраднат живот“, Мия Язова в криминалния сериал „Дяволското гърло“ и др.
Най-новата ѝ роля на малкия екран е на царица Мариам в сериала „Войната на буквите“ по романа на Людмила Филипова. Там тя си партнира със Захари Бахаров, с когото заедно участват и в новата театрална комедия „Това не го казвай!“ с режисьор Явор Гърдев.
